STAVelo：从空间转录组数据推断空间 RNA 速度解析细胞时空动态

研究者提出 STAVelo，一种图注意力编码器-解码器框架，可在空间转录组数据中建模空间信息，并从转录动力学参数的神经表征推断 RNA 速度。在跨物种、跨平台的多数据集定量比较中，STAVelo 在捕捉细胞迁移与发育动态上优于既有方法，并在人、小鼠脑数据中准确推断出神经元跨皮质层的由内向外迁移模式。该工具还从小鼠肾脏、鸡心脏及多时间点小鼠胚胎与胎盘数据中解析出器官特异性发育梯度和时空动态。