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bioRxiv 预印本· Stein, A. J., Ghohabi Esfahani, N., Akeson, S., Kakhaki, P. D., Kontogiorgos-Heintz, D., Nivala, J., Jain, M. ·· 16 小时前AI 评分18

纳米孔蛋白质读出离子电流分析的计算策略:20种氨基酸分类与电荷二分类达93.3%

A strategy for ionic current analysis of nanopore protein readouts

AI 导读

研究者开发了一套整合计算策略,用于处理含全部20种氨基酸的合成蛋白质构建体经纳米孔产生的离子电流信号,流程包括去噪、变数与定数分段的变化点检测,并用动态时间规整重心平均生成氨基酸特异性参考模板。基于分段统计特征的双向LSTM网络对20种氨基酸分类准确率仍有限,而基于电荷的二分类准确率达93.3%,成对分类显示带负电残基具有独特信号特征。研究还用profile隐马尔可夫模型刻画蛋白质易位的序列结构。

来源:bioRxiv 预印本 · biorxiv.org