基于计算机模拟谱库的LC-MS/MS方法提升金黄色葡萄球菌肽段检测

研究团队开发并基准测试了一套计算机模拟谱库蛋白质鉴定流程，用于在A375细胞背景下检测金黄色葡萄球菌USA300肽段。在0至100%的细菌蛋白梯度稀释系列中，该策略与常规序列数据库搜索均呈现浓度依赖性检测，实际检测下限约为1%至2%细菌蛋白。计算机模拟谱库搜索在人源对照中产生的细菌样背景鉴定更少，而MS2Rescore在高细菌浓度下显著增加谱库鉴定数，100%细菌蛋白时超过数据库搜索。