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μODE框架预测粪菌移植定植与艰难梭菌定植抵抗

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AI 综述

2026年10月12日,bioRxiv发布预印本,研究人员提出全自动框架μODE,可将宏基因组组装基因组(MAGs)转化为群落代谢的动态模拟,并整合pH抑制、抗生素药代动力学、胆汁酸转化与孢子休眠等生态层。报道称,在仅校准一个速率参数使基线脱氧胆酸匹配其生理浓度后,该框架复现了未校准的抗生素诱导脱氧胆酸崩塌,校准后的抑制剂浓度与独立设定的病原体抑制阈值吻合,模拟的病原体易感性比值变化约44倍,机制性再现了胆汁酸介导的艰难拟梭菌定植抵抗。

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报道时间线

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10月12日
  1. bioRxiv 预印本
    μODE 框架实现粪菌移植定植与艰难拟梭菌定植抵抗的机制性预测

    研究人员提出全自动框架 μODE,可将宏基因组组装基因组(MAGs)转化为群落代谢的动态模拟,并整合pH抑制、抗生素药代动力学、胆汁酸转化与孢子休眠等生态层。在仅校准一个速率参数使基线脱氧胆酸匹配其生理浓度后,该框架复现了未校准的抗生素诱导脱氧胆酸崩塌,校准后的抑制剂浓度与独立设定的病原体抑制阈值吻合,模拟的病原体易感性比值变化约44倍,机制性再现了胆汁酸介导的艰难拟梭菌定植抵抗。

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