μODE 框架实现粪菌移植定植与艰难拟梭菌定植抵抗的机制性预测

研究人员提出全自动框架 μODE，可将宏基因组组装基因组（MAGs）转化为群落代谢的动态模拟，并整合pH抑制、抗生素药代动力学、胆汁酸转化与孢子休眠等生态层。在仅校准一个速率参数使基线脱氧胆酸匹配其生理浓度后，该框架复现了未校准的抗生素诱导脱氧胆酸崩塌，校准后的抑制剂浓度与独立设定的病原体抑制阈值吻合，模拟的病原体易感性比值变化约44倍，机制性再现了胆汁酸介导的艰难拟梭菌定植抵抗。