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HADDOCK3 GPU加速RMSD与FCC聚类
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AI 综述
2026年10月12日，一篇bioRxiv预印本报道了HADDOCK3中GPU加速的RMSD与FCC聚类方法。研究将HADDOCK3的成对结构比较重构为GPU张量上的连续线性代数运算，使用批量SVD进行结构叠合，并用二值矩阵乘法计算残基接触重叠。在N=200至10,000个模型的基准测试中，Apple Silicon（MPS）实现6.41倍计算加速；NVIDIA CUDA在N=5,000消融中端到端加速最高12.2倍。
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最新进展10月12日 08:00
预印本报道HADDOCK3 GPU加速聚类，MPS提速6.41倍，CUDA最高12.2倍。报道时间线
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10月12日
- bioRxiv 预印本HADDOCK3 中 GPU 加速 RMSD 与 FCC 聚类：无结构回归的成对结构分析张量化
研究将 HADDOCK3 的成对结构比较重构为 GPU 张量上的连续线性代数运算，用批量 SVD 做结构叠合、用二值矩阵乘法计算残基接触重叠。在 N=200 至 10,000 个模型的基准测试中，Apple Silicon（MPS）实现 6.41 倍计算加速，NVIDIA CUDA 在 N=5,000 消融中端到端加速最高 12.2 倍。
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