bioRxiv 预印本· Salami, R. O., Kumordzi, S. M., Amuna, D. N., Carr, R. A., Morang'a, C. M. ·· 1 天前AI 评分10
HADDOCK3 中 GPU 加速 RMSD 与 FCC 聚类：无结构回归的成对结构分析张量化
Tensorizing Pairwise Structural Analysis: GPU-Accelerated RMSD and FCC Clustering in HADDOCK3 Without Structural Regression.
AI 导读
研究将 HADDOCK3 的成对结构比较重构为 GPU 张量上的连续线性代数运算，用批量 SVD 做结构叠合、用二值矩阵乘法计算残基接触重叠。在 N=200 至 10,000 个模型的基准测试中，Apple Silicon（MPS）实现 6.41 倍计算加速，NVIDIA CUDA 在 N=5,000 消融中端到端加速最高 12.2 倍。
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