bioRxiv 预印本· Yang, X., QIN, C., Wang, F., He, B., Zhao, Y., Wu, J., Zhang, Y., Yao, J. ·· 1 天前AI 评分12
USM-AA：引入参考基因组坐标的比对感知基因组基础模型
Alignment-Aware Genomic Coordinate Encoding for Long-Range DNA Modeling
AI 导读
研究人员提出比对感知基因组基础模型USM-AA，通过非连续位置编码、Alignment-Aware Rotary Position Embedding及编码染色体、链和CIGAR信息的比对嵌入模块引入参考基因组坐标，并采用反向互补掩码学习策略提升长程序列建模能力。该模型在跨物种进化和人类群体变异的比对感知基因组序列上预训练，在多项下游任务中持续优于现有模型。
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