基于转移矩阵与张量方法重构核酸二级结构热力学模型

研究人员提出一类基于转移矩阵的核酸二级结构热力学新模型，用单一函数形式（矩阵乘积的迹）统一描述所有环类型的自由能，并以单一动态规划递推计算配分函数等物理量，时间复杂度为O(N³)。新模型参数数量远少于现有最近邻（NN）模型（数十个对数百至数千个），精度相当或更优，可处理含任意数量相互作用链、总长N个核苷酸的复杂体系，并支持重归一化实现50,000 nt规模计算及GPU加速。